Tzintzuntzan fue capital de los antiguos tarascos, que descendían de tribus primitivas que llegaron a la zona lacustre de Pátzcuaro, en el siglo XII y que conquistaron a quienes habitaban esa región y conformaron el imperio tarasco, el cual se extendió a partir de Tzintzuntzan, su capital antes de morir Tariácuri, en 1400, dividió el imperio entre sus descendientes Irepan, Hiquingare y Tanganxoán, a los que repartió Pátzcuaro, Ihuatzio y Tzintzuntzan.
Sólo Tanganxoán se mantuvo en el poder, centralizándolo en Tzintzuntzan, que se convirtió en el centro ceremonial más importante, donde se concentraba la producción de los tributarios de tierra caliente y fría, existía tal esplendor en la ciudad capital, que fue la más grande del imperio tarasco y la más poblada.
A la llegada de los españoles, gobernaba el imperio Tanganxoán II, que fue quemado por Nuño de Guzmán en 1529, quien al llegar a Michoacán, inició una de las etapas más cruentas de la conquista y se produjeron pleitos entre los españoles por la posesión de tierras.
Vasco de Quiroga llegó a Tzintzuntzan como oidor y trasladó la capital de la provincia de Michoacán a Pátzcuaro, que pertenencia a Tzintzuntzan y era considerado un barrio de la ciudad, pese a los pleitos y quejas de los españoles y nativos avecindados en el lugar.
La ciudad perdió su esplendor e importancia económica y social en 1539, aunque se había conferido el título de Ciudad en 1523 y dicho título era reconocido por el propio rey que lo emitió. Posteriormente, ese rango se le otorgó a Pátzcuaro, que de hecho ya tenía la administración eclesiástica y civil, dejando a Tzintzuntzan reducida y abandonada.
Dependió desde la conquista hasta la independencia de la ciudad de Pátzcuaro. Con el reacomodo republicano, fue tenencia de Quiroga en 1831. En memoria de que fue en otro tiempo y por ser la primera de Michoacán, se le otorgó el título de Ciudad Primitiva, el 27 de abril de 1861.